Секция "Балканска етнология" е реализирала и реализира в момента следните основни проекти:

Проект “Динамика на националната идентичност и на транс-националните идентичности в процеса на европейска интеграция”. Финансиран от Програма Жан Моне (Подкрепа на изследователски центрове) на Европейската Комисия (CER 2006-051). 2006 - 2007.
Ръководител на проекта: Елена Марушиакова.
Публикации по проекта:
Мarushiakova, Е. (Ed.) Dynamics of National Identity and Transnational Identities in the Process of European Integration. Cambridge Scholars Publishing, 2008.
Дечева, М. (Съст.) Динамика на националната идентичност и транснационалните идентичности в процесите на европейска интеграция. София: Парадигма, 2008.

Проект "Development of Gypsy/Romani Studies".
В партньорство с Дружество за изследване на малцинствата Studii Romani, част от проекта "Roma High Education Support Initiative"
(в консорциум със "Студентско общество за развитие на междуетническия диалог").
Финансиран от Ромски образователен фонд. 2006 - 2009.
Ръководител на проекта: Веселин Попов.

Участие в Проект PHARE BG-01-03-0013 Educational and Medical Integration of Vulnerable Minority Groups with the Special Focus on Roma - Component 03: Health. 2007.
Ръководител на екипа: Елена Марушиакова.

Проект "Проекции на социализма – сравнително изследване на България и Словакия".
Финансиран от Българската академия на науките и Словашката академия на науките по Спогодбата за Международно научно сътрудничество. 2008 - 2010.
Партньор по проекта – Институт за политически науки (Братислава).
Ръководител на проекта: Маргарита Карамихова.

Проект "Европейски измерения на културата и историята на Балканите".
Финансиран по Оперативна програма "Развитие на човешките ресурси", линия "Подкрепа за развитието на докторанти, постдокторанти, специализанти и млади учени" (BG051PO001/07/3.3-02). 2008 - 2010.
Партньор по проекта – Институт по балканистика при БАН.
Ръководител на проекта: Маргарита Карамихова.

Проект "Преправяне на източните граници на Европа: европейска мрежа за изследване на социалните, морални и материални премествания на източно-европейските периферии".
Финансиран по COST Action IS0803. 2008 - 2010.
Координатор на проекта: Маргарита Карамихова.

Участиие в Проект "Мрежа 'Пресичане на граница'" на Университета на Янина, Гърция.
Конференция, организирана от Секция "Балканска етнология" и Община Пловдив. 2009.
Координатор от българска страна: Маргарита Карамихова.

Международна конференция "Проекции на социализма – 20 години по-късно".
Финансирана от Austrian Science and Research Liaison Offices - Sofia. 2009.
Координатор: Маргарита Карамихова.

Проект "Многообразни идентичности: еволюция на историческото наследство и културните традиции в европейска перспектива".
Финансиран от от Фонд “Научни изследвания” на МОН (№7РП08-7). 2009.
Ръководител на проекта: Елена Марушиакова.
Координатор: Мила Маева.

Проект "Разширяване на уменията и квалификациите на младия учен - предпоставка за професионална реализация в гранични области между науката и практиката".
Финансиран по Оперативна програма "Развитие на човешките ресурси", линия "Подкрепа за развитието на докторанти, постдокторанти, специализанти и млади учени" (BG051PO001/07/3.3-02). 2009 - 2011.
Водещ партньор: Център по наукозание и история на науката при БАН.
Ръководител на проекта: Рая Стайкова.
Координатор: Мила Маева.

Проект "Културно наследство и национална идентичност в условия на пан-европейска трудова мобилност (Българите, работещи в страните от Средиземноморието)".
Финансиран от Фонд "Научни изследвания" на МОН (ДО 02/106/8.05.2009). 2009-2011.
Партньори: ВТУ "Св. Св. Кирил и Методий" и Академия на МВР.
Ръководител на проекта: Маргарита Карамихова.